농림축산식품부 소속기관인 국립농산물품질관리원은 본원, 시험연구소, 지원 9개, 사무소 121개로 구성되어 있다.
'생산자가 인정하고, 소비자가 신뢰하는 국립농산물품질관리원' 이라는 슬로건을 내걸고 있고, 본원에는 운영지원과, 기획조정과, 소비안전과, 품질검사과, 원산지관리과, 인증관리팀, 맞춤형농경과, 농업경영정보과 등 8개의 부서가 있다. 이 중 인증관리팀에서 친환경·유기식품 인증이라든지 농산물우수관리(GAP)인증, 농산물이력추적관리 등의 업무를 맡고 있다.
국립농산물품질관리원은 1949년 1월 식량확보와 양곡의 안전관리를 담당하는 국가검사기관 농산물검사소를 설치한데에서 부터 시작한다. 1960년 국립농산물검사소로 명칭을 바꾸고 1963년 수출입 농산물 및 가공품, 종자 검사등으로 검사업무를 확대했다.
1992년 농산물 품질인증제를 시행하고 1997년 친환경농산물 인증제를 담당하기 시작하다가 1999년부터 국립농산물품질관리원으로 명칭을 변경했다.
2006년에는 위해요소 중점관리로 농식품 안전성 확보를 위한 농산물우수관리(GAP)인증 및 농산물 이력추적관리를 담당하기 시작했고 음식점 원산지표시 관리는 2008년부터 시작했으며, 쇠고기 이력관리는 2009년 도입했다.
2013년 국가인증 농식품 관리를 전담하기 위해 인증관리팀을 신설하고 인증관리팀에서 친환경, GAP, 유기식품 등의 인증업무와 사후관리를 맡게되었다.
국립농산물품질관리원의 캐릭터는 구별이로 수리부엉이를 형상화했다.
소속기관으로 시험연구소와 9개의 지원 (경기, 강원, 충북, 충남, 전북, 전남, 경북, 경남, 제주)이 있으며 현재 국립농산물품질관리원 본원은 경상북도 김천시에 위치해 있다. 부근에 농림축산검역본부와 국립종자원이 있다.
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